继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：克莱尔·丹妮丝 曼迪·帕廷金 摩根·斯佩克特 伊丽莎白·玛维尔 莱纳斯·罗彻 何家蓓 詹姆斯·达西 迪伦·贝克 莫瑞·史特林 科斯塔·罗宁 彼得·瓦克 艾米·哈格里夫斯 罗伯特·克耐普 杰克·韦伯 戴恩·达文波特 艾伦·阿黛尔 布莱德利·纳迪
热度：416°C
演员：西沃恩·卡伦 迈克尔·史麦利 罗南·拉夫特瑞 大卫·甘利 David Ganly Noni Stapleton 保罗·泰来克 Fiona Browne Ciaran McCourt 夏娃·摩尔 Michael Hough Allan Keating 丹尼尔·嘉利甘 Brian Robinson Dagmar Döring Tara Mae Eva Hein West Conan Sweeny 卢埃里·罗宾森
热度：684°C