柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：福山润 内田真礼 赤崎千夏 浅仓杏美 上坂堇 长妻树里 仙台惠理 大塚芳忠 保志总一朗 岩男润子 福原香织 天野由梨 冲佳苗 井上喜久子 设乐麻美 山冈百合
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演员：华金·菲尼克斯 杰里米·苏莱泽 詹森·雷兹 里克·莫拉尼斯 戴夫·托马斯 D·B·斯威尼 琼·科普兰 迈克·克拉克·邓肯 海尔德·高德 丹尼·马斯特罗吉奥尔吉奥 爱丝黛儿·哈里斯 格雷格·普罗普斯 宝蕾·佩雷特 邦坡尔·罗宾逊 布莱恩·波塞恩 菲尔·普洛克特 帕梅拉·阿德龙 鲍伯·伯根 罗德格尔·邦帕斯 詹妮弗·达林 黛比·德里贝里 比尔·法玛尔 霍普·利维 雪莉·琳恩 米凯·麦高万 Rick Logan Arnold McCuller 蒂姆·梅尔滕斯
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